国初置医学提举司，后改太医监，又改太医院，设院使、同知及典簿等官职，专诊视疾病、修合药饵等事。洪武十四年定为五品等衙门，更设太医院令、丞、吏目及御医，始根据文职授散官。
二十二年复改院令为院使，丞为院判。其属置惠民药局，又于本衙门置生药库，各设大使副使。