一、本草一书，首宜分其形质气味，次宜辨其经络脏腑，终宜表其证治功能。历观诸书，无不备载，然理道不明，意义不疏，徒将治效彰著。浅学医士，其奚辨焉。况有补不实指，泻不直说，或以隔一隔二以为附会，反借巧说以为虚喝。义虽可通，意难即悟。兹从往昔诸书，细加考订，其有一义未明，一意未达，无不搜剔靡尽，牵引混说，概为删除，俾令真处悉见，断不随声附和，语作影响，以致眩人耳目也。
一、药品补泻，或阴或阳，或气或血，或燥或润，原自有别，遍绎诸书，无有实载。如白术味苦性燥，是能入脾补气。山药味甘气平，是能入脾补阴。人参黄芪味甘性温，是能入肺而补气，是能入肺而补阴。龙眼甘温，是能入心而补气。当归柏子仁辛甘温润，是能入心而补血。山茱萸杜仲辛温酸温，是能入肝而补气。首乌阿胶甘平微温，是能入肝而补血。至附桂辛热，则能入肾以补阳。熟地枸杞甘润甘温，是能入肾以补阴。补剂如斯，泻剂亦然，而书仅以补泻混指，是集论补论泻，俱以阴阳气血分辨，概不敢以影响浑混等语塞责。庶使开卷了了，无有错误。
一、本草药性，最宜就实讲明，不可一毫牵引。如书既言桑白皮入肺泻火，是明于气无补，而又混引益气之说以相淆。枳壳枳实本为下气最峻之味，而书又引益气明目之说以为质。桔梗本属升气之品，而书又扩其义曰降。赤小豆本非大热之味，而书又别其义曰燥。紫石英白石英之甘与温，本非最湿之品，而书又反其词曰湿。此惟上哲之士，始可以悟其蕴，若使粗工褊浅，又曷克以明其义乎？是集凡有义蕴难明之处，逐一详解，不令稍有含混。
一、经络脏腑，他书亦有载系某药主入某经，某药兼入某经，然众书繁杂，持论不一。如知母味辛而苦，沉中有浮，降中有升，本能清肺以宁肾，而书偏置润肺不语，只言于水有滋，牵强混引，殊多不解，是篇凡有类此不明，无不从实发辉。庶主辅攸分，而经腑与脏之药，自不致误。
一、是集论症论治论效，总以药之所味形质四字推勘而出。则药之见施于病者，既有其因，而药之见施于病而即有效者，又有其故。如刘寄奴之能破瘀通经行血，又治金疮使血顿止。一通一涩，似不相合，他书只载治效，无有诠释，使人自悟，是篇凡其药有类是，无不按实考明，尽情阐发。俾令后学，始有津涯。
一、药多有形质相同，气味相等。若使各为注释而不比类合观，则疑似莫辨，如诃子粟壳共为涩药之类。白蔻砂仁共为燥胃之类。猪苓泽泻共为利湿之类。羌活独活共为驱风之类。大戟甘遂共为泻水之类。枳壳枳实共为破气之类。附子肉桂共为补火之类。地黄枸杞共为滋水之类。牛黄贝母共为清热祛痰之类。乳香没药共为行血破血之类。人参黄芪共为补肺补气之类。本草分论虽多，而合论则少，是篇尚论药味，凡有气味相同，无不先于篇首协议阐发，再于各味之中，又取相类以为分别。庶使毫厘千里，无有差谬！
一、药有宜有忌，宜者可用，而忌者不可用也。有其宜之当用，即有其忌之不可用，是篇既于药品之宜，反复申明，复于药性之忌，多为诰诫。俾其喜忌并知，而无临症岐亡之弊矣。
一、本草药味，他氏多以草木昆虫金石类为编次，以便披阅。然形质虽同，而气味不就一处合编，则诸药诸性，又已分散各部而不可以共束矣。是编开列药品，总以气味相类共为一处，如补火等药，则以补火为类。滋水等药，则以滋水为类。间有一味而兼数治数性者，则不得不就一处以为品列，不必彼此重见，是亦限于编次之一道也。再于分别气味之下，又注是草是木是金是石以为类次，俾气味既得依类而处，而形质亦得分类合观。庶泾渭攸分，而学人自无亡津之叹。
一、本草本经，出自神农，其理自属不易。然考论中所载，药性多有安五脏，定神志，并延年益寿，身轻黑发，及桑白皮紫草补中益气等说。按此语多肤廓，不无可疑。且考神农尝草，流传至今，是时文本未开，当有智识相因，不尔何由得闻。所详药出郡县，多有后汉地名，故寇宗 陶通明掌禹锡皆谓是书考之于汉，已有不能断自何代所作。淮南子虽言神农尝百草以和药，亦无本草之名。至称桐雷本此载在简编，应与素问同类，何以后人多为更饰，故有疑为他氏所着。厥后代为损益，其真愈失，而其论愈讹。无怪李氏濒湖撰集本草，仅以本经主治冠列诸首，而不力为着解。且有疑其经论未确，留此以为存佯之意，非故浓今薄古，实以语多肤廓，故不敢以疑信相参之书，等于素问，同作千古俎豆观也，惟有长洲张璐极力尊崇，而其中多有强为组合之心，仍非尊崇本意，故余尚论药性，每从实处追求，既不泥古以薄今，复不浓今以废古，惟求理与病符，药与病对，俾炎帝救世之真心，默与余论相合，而不失其尊崇之意，是亦余心之素望也矣！