《内经》的三阴三阳(六经)是经络脏腑概念，其概念、理论论述散见于《内经》诸篇中，比较典型的集中于《素问•热论》篇，其主要内容是：“今夫热病者，皆伤寒之类也。…一日巨阳受之，故头项痛，腰背强(明•李念莪注：太阳为三阳之表，而脉连风腑，故伤寒多从太阳始。太阳经脉，从头项下肩，挟脊抵腰，故其病如此)。二日阳明受之，阳明主肉，其脉挟鼻络于目，故身热目疼而鼻干，不得卧也。三日少阳受之，少阳主胆，其脉循胁络于耳，故胸胁痛而耳聋。三阳经络皆受其病，而未入于脏者，故可汗而已。四日太阴受之，太阴脉布胃中络于咽，故腹满而咽干。五日少阴受之，少阴脉贯肾，络于肺，系舌本，故口燥舌干而渴。六日厥阴受之，厥阴脉循阴器而络于肝，故烦满而囊缩。三阴三阳五脏六腑皆受病，荣卫不行，五脏不通，则死矣”。显而易见，这里的三阴三阳是脏腑经络概念，故《内经》的三阳病，可用汗法，《伤寒》的少阳、阳明禁汗。症状描述也有明显不同，《内经》中“六经”的概念显然与《伤寒》有着根本的不同。王叔和、成无己以《内经》注《伤寒》多源于此。章太炎批评王叔和强引《内经》注《伤寒》“一日一经”传变之谬，亦即指此。
《伤寒》的六经(三阴三阳)并未言及经络内容，只是由六经提纲来确定，即太阳病的判定为第1条(《伤寒论》赵开美本序号，以下同)：“太阳之为病，脉浮头项强痛而恶寒”，用八纲分析之即病位在表的阳实热证；阳明病为第186条“阳明之为病，胃家实是也”，用八纲分析即病位在里的阳实热证；少阳病为第263条“少阳之为病，口苦、咽干、目眩也”，即病位在半表半里的阳实热证；少阴病为第281条“少阴之为病，脉微细，但欲寐也”，即病位在表的阴虚寒证；太阴病为第273条“太阴之为病，腹满而吐，食不下，自利益甚，时腹自痛，若下之，必胸下结硬”，即病位在里的阴虚寒证；厥阴病为第326条“厥阴之为病，消渴，气上撞心，心中痛热，饥而不欲食，食则吐蛔，下之利不止”，即病位在半表半里的阴寒虚证。从这里可以看出，六经病实际是由八纲归类的证，不是经络脏腑的概念。
对比研究可见，《内经》的六经，是指五脏六腑的六经，三阴三阳也即五脏、六腑概念，而《伤寒》的六经，是八纲的概念。值得注意的是，《内经》脏腑经络虽有表里(内外)、开阖枢等概念，亦有八纲(寒、热、虚、实、表、里、阴、阳)概念，但无半表半里概念，但《伤寒》突出了半表半里概念，此见于《伤寒论》第148条“伤寒五六日，头汗出，微恶寒，手足冷，心下满，口不欲食，大便硬，脉细者，此为阳微结，必有表，复有里也。脉沉，亦在里也，汗出为阳微，假令纯阴结，不得复有外证，悉入在里，此为半在里半在外也。脉虽沉紧，不得为少阴病，所以然者，阴不得有汗，今头汗出，故知非少阴也，可与小柴胡汤”，把半表半里病位理念加入八纲辨证中，是张仲景的发明。正缘于此，其将八纲辨证发展为独特的六经辨脏腑论体系。