《素问•玉机真藏论》曰：“春脉者肝也，东方木也，万物之所始生也。故其气来耍弱轻虚而滑，端直以长，故曰弦，反此者病，其气来实而强，此谓太过，病在外；其气来不实而微，此谓不及，病在中。太过则令人善忘，忽忽眩冒而巅疾；其不及则令人胸痛引背，下则两胁肤满。夏脉者，心也，南方火也…”。《素问•金匮真言论》曰：“东方青色，入通于肝，开窍于目，藏精于肝，其病发惊骇。其味酸，其类草木，其畜鸡，其谷麦，其应四时，上为岁星，是以春气在头也，其音角，其数是以知病之在筋也，其臭臊。南方赤色，人通于心…”。《素问•阴阳应象大论》曰：“东方生风，风生木，木生酸，酸生肝，肝生筋，筋生心。肝主目，其在天为玄，在人为道，在地为化，化生五味，道生智，玄生神，神在天为风，在地为木，在体为筋，在脏为肝，在色为苍，在变动为握，在窍为目，在味酸，在志为怒，怒伤肝，悲胜怒，风伤筋，燥胜风，酸伤筋，辛胜酸。南方生热，热生火，火生苦，苦生心…”。用五行六气联系人体五脏的生理病理的论述，在《内经》中是非常多的。这些理论在中国(更确切地说在中原)发展为以五行六气为框架的辨证论治体系，其后世发展丰富多采，理论也多歧纷纭。其特点是具有地域性和推衍性，在分析病情、辨证时可根据疾病症状的表现，但有时更注重季节、气候、地域也即运用五运六气来推衍辨证。
已知《伤寒》的主要方证来源于《汤液经法》，值得注意的是，仲景撰用《汤液》中的60首方证，其中39首为大小五脏补泻方证，是脏腑辨证论治的典范。而且在《辅行诀》中还着重介绍了《五味补泻体用图》，指出：“在天成象，在地成形，天成五气，化成五味，五味之变，不可胜数。今者约列二十五种，以明五行互含之迹，以明五味变化之用”。由此可知《汤液》也用五行理论指导五脏辨证。张仲景虽撰用了39首方证，却绝然不再用其脏腑补泻名，将小泻肝汤改名为枳实芍药散，大泻肝汤改称为大柴胡汤，小补心汤改称栝楼薤白半夏汤，大补心汤改称为枳实薤白桂枝汤，小补脾汤改名为理中汤，建中补脾汤改名为建中汤，小泻脾汤改称为四逆汤…。值得注意的是，有的方剂虽用其名，但其适应证已不是脏腑概念，如小泻心汤改名为泻心汤后，其适应证为“心气不定(足)，吐血衄血”的阳明里实热证。又如小泻脾汤其适应证为“治脾气实，下利清谷，里寒外热，腹冷，脉微者”，《伤寒论》改其名为四逆汤，其适应证为：“脉浮而迟，表热里寒，下利清谷”。很明显，张仲景抛弃了五行五脏理论，改用八纲辨证。全书的主要内容是以六经辨证，其六经是指太阳、阳明、少阳的三阳和少阴、太阴、厥阴的三阴。论中虽称之为病，其实是证，且来自八纲，具体内容即其提纲，即太阳之为病，脉浮头项强痛而恶寒；阳明之为病，胃家实是也，少阳之为病，口苦、咽干、目眩也；少阴之为病，脉微细，但欲寐也；太阴之为病，腹满而吐，食不下，自利益甚，时腹自痛，若下之，必胸下结硬；厥阴之为病，消渴，气上撞心，心中痛热，饥而不欲食，食则吐蛔，下之利不止。《伤寒论》先辨六经，再辨方证，无须再用五行五脏理论。因此，章太炎先生称“不拘五行生克之论者，盖独仲景一人耳”，其又说：“自《素问》、《难经》以五行内统五脏，外贯百病，其说多附会。逮仲景作，独《伤寒》平脉篇、《金匮要略》首章一及之，余悉不道…”。这里要明确：《伤寒论》中的平脉篇，《金匮要略》的首章是王叔和加入的，由此进一步得出了《伤寒》没有使用五运六气理论的结论。