《内经》的阴阳概念是多方面的。“阴阳者，天地之道也，万物之纲纪，变化之父母，生杀之本始”(《素问•阴阳应象大论》)，不但用于阐述人体的生理、病理，而且用于病证的属性，还是防病治病的原则、方法的理念基础。
《伤寒》的阴阳概念虽源于古代的医经，但全书重在根据患病人体所反映出的症状，总结治病规律。因此，阴阳概念主要反映疾病的病情、病性，涵盖面明显比《内经》局限，同时其概念还有相异之处。如第7条“病有发热恶寒者，发于阳也；无热恶寒者，发于阴也”，即是说有发热恶寒者为阳证，不发热但恶寒者为阴证。这是判断阴证、阳证的大纲，不同于《内经》的“阳虚则外寒，阴虚则内热”。如再结合辨别证的病位表、里、半表半里、虚、实、寒、热，更可辨别出六经病所属。如已辨为阳证，根据病位则有三种证，即在表又见实热(脉浮，头项强痛而恶寒)者，即称太阳病(证)；如病位在里，又见实热(胃家实)，则为阳明病(证)；如病位在半表半里，又见实热(口苦、咽干、目眩)，则为少阳病(证)，此所谓三阳病(证)。同理，阴证之辨，如病位在表，又见虚寒(脉微细，但欲寐)，则为少阴病(证)；病位在里，又见虚寒(腹满而吐，食不下，自利益甚，时腹自痛)，则为太阴病；病位在半表半里，又见虚寒(消渴，气上撞心，心中痛热，饥而不欲食，食则吐蛔，下之利不止)，则为厥阴病。阴阳概念在《伤寒论》的六经中，只是标明疾病的病情、病性，并无阴阳生理功能、病理作用的含义。
值得注意的是，《伤寒论》中有多处“阳”的概念用《内经》解释不通，如第46条“太阳病，脉浮紧、无汗、发热、身疼痛，八九日不解，表证仍在，此当发其汗。服药已微除，其人发烦目暝，剧者必魁，衄乃解。所以然者，阳气重故也，麻黄汤主之”，这里的“阳气重”的概念属于经方理论体系的范畴，是指人体体表津液，涵盖津、血、水、湿、邪气等。太阳病之所以出现鼻衄，是因为日久不得汗出，体表津液(阳气)过多、过重郁集于体表、头面的缘故，原文的“脉浮紧、无汗、发热、身疼痛，八九日不解”，正是阳气重的证候，恰是麻黄汤的适应证。太阳病总体来说，病邪与正气相争于体表，因使津液、体液郁于体表呈阳气重的病理状态。但伤寒，因无汗，故脉浮紧，呈现明显的阳气重；中风因有汗，体表津已损失一部分，故脉浮缓，体表津液较伤寒为虚，但比之于少阴病、太阴病等仍是阳气盛，故仍可用发汗治疗。后世注家如张志聪以《内经》释《伤寒》，认为这里的“阳气重”是“太阳合并于三阳，用麻黄汤后而衄者，阳热盛而宜解也”，三阳病当用白虎汤、柴胡汤，哪能用麻黄汤？又服用麻黄汤发汗或衄后，人体津液当虚(脉不再浮紧)，其解释为服用麻黄汤后或衄后阳气反盛，何等不合逻辑？因此为圆其说，不得不篡改原文谓：“麻黄汤主之，宜在当发其汗之下”。实际是说阳气重不能用麻黄汤。如读其注，信其说，谁还会用麻黄汤？要知这里的阳气重，与《内经》的阳热盛概念不同，难怪王叔和在《伤寒例》提出“况桂枝汤下咽，阳盛则毙”。致使后世不少人，凡遇太阳病发热时再不敢用麻黄汤、桂枝汤。
又如第29条“伤寒，脉浮、自汗出、小便数、心烦、微恶寒、脚挛急，反与桂枝汤以攻其表，此误也。得之便厥、咽中干、烦躁吐逆者，作甘草干姜汤与之，以复其阳”，此条文原意是“脉浮、自汗出、心烦、微恶寒”，虽形似桂枝汤证，但无热而恶寒，病已由阳证转变为阴证之象。再参看小便数、为胃虚不能制水，脚挛急、为津血少不足以养筋。这种情况如错用桂枝汤攻表以发汗，则更使人体津液伤损，引起四肢厥而咽中干，如因激动里饮，则进一步引起烦躁而吐逆。这时的治疗，应用甘草干姜汤温中逐饮，以治烦逆。以复其阳者，是说振兴其胃气，以恢复津液，如以《内经》释《伤寒》则又难通。对此，张志聪变化了说法，阳不再称阳热，谓复其阳是复太阳之阳气“此病三阴而兼及于三阳，阴阳外内之相通也，…作甘草干姜汤温太阴之土气，以复其阴中之太阳，若厥愈者，太阳之阳气复也”，又说“三阴三阳皆病，用甘草干姜汤可治”，为圆其说，谓甘草干姜汤可治三阴三阳皆病，让人越看越糊涂。又如第27条“太阳病，发热恶寒，热多寒少，脉微弱者，此无阳也，不可发汗，宜桂枝二越婢一汤”，条文原意是，太阳病还发热恶寒，但热多寒少而脉微弱，为外邪已衰，病有欲愈之象，虽无汗，但体表已无充盈的津液(脉不浮紧)，故谓此无阳也。这里所说的不可发汗，是说不可用麻黄汤大发其汗，宜用桂枝二越婢一汤调和营卫、解肌透表。对此，张志聪改用标本理论来解说：“此言太阳阳热多，本寒少，表邪从肌凑而内陷者…太阳病发热恶寒者，言病太阳标本之气，当发热恶寒，今热多寒少，乃寒已化热，阳热多而本寒少，脉微弱则表阳乘虚内陷，故曰此无阳也”。原文是说热多，张氏不再称阳热盛，为了解释无阳，其谓内陷则无在表之阳(张氏无视热多)，治疗则谓“不可发汗者，不可发太阳之表汗也…故宜桂枝二以解肌，越婢一以发越表阳之内陷”。既说不可发太阳之表汗，却用本是发汗的桂枝二越婢一汤，把该方的作用解释为发越表阳之内陷，其明显自相矛盾。这里的“无阳”与麻黄汤的“阳气重”，正好对照互参，这样便不难理解《伤寒论》中的“阳”是指什么。前者为津液充实于体表，故脉应之紧，须以麻黄汤发其汗；而此为津液不足于外，故脉应之微弱，但证仍属太阳病，故宜桂枝二越婢一汤轻发汗以解之。类似此类现象尚有“亡阳”、“阳绝于里”等十多处。总之，《内经》和《伤寒》有关阴阳概念有不同，值得进一步探讨。