《内经》仅载13方，其述证不详。
《伤寒》有260方，全书主要内容是详述方剂的组成、用法及其适应证，其药用、药理近似于《神农本草经》，其内容近似于《汤液经法》，可谓仲景论广《汤液》是也。
以上所述，只是两书的部分不同。但可看出，《内经》和《伤寒》是不同时代的两部中医古籍，《内经》前、而《伤寒》后。两书皆源于古代的医经，也即以《易》学、阴阳五行六气、卫气营血、精气神等为主导，以四诊(问、望、闻、切)，八纲(表、里、寒、热、虚、实、阴、阳)认证。不同的是，《内经》集古代医学、哲学理论之大成，其中的阴阳五行、五行六气后世影响深远，不仅用其推衍疾病的生理、病理、治疗用药，而且用于推衍防病、养生等。《伤寒》与《内经》的主要不同点是，其不用五行六气理论，只用八纲且在八纲中加入了半表半里理念，形成了六经辨证理论，即张仲景的学术源于五行中却跳出五行外，创建了六经辨证理论体系。由于六经辨证是根据症状反应来分析病情、病性，因此《伤寒》辨证论治的实质，在于患病人体一般规律反应的基础上，而适应整体、讲求疾病的通治方法。《伤寒》是根据疾病所反应的症状治病，不再应用《内经》中的五行六气推衍辨证。因此，《伤寒》但用八纲(六经)辨证，重在治病，而略于预防、养生。
通过对比研究可知，两书的内容、学术特点有着明显的不同，可证明张仲景并没有撰用“《素问》、《九卷》、《八十一难》、《阴阳大论》”，即不是据《内经》撰写《伤寒》，而是据《汤液经法》撰成了《伤寒》，其撰用《汤液经法》的主要方证并加入半表半里理念，创建了六经辨证理论，从而形成了独特的六经辨证理论体系。
参考文献
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(原载于中国中医药报.2005年5月6日和5月12日)