以上仅是日本对小柴胡汤的基础理论研究和临床应用部分情况。资料显示，小柴胡汤在日本是使用最多的药物，估计每年服用小柴胡汤者有100万人，消费金额90亿～130亿日元。但在广泛地应用于治疗慢性肝炎过程中，却连续出现了小柴胡汤引起间质性肺炎甚至死亡的报道。最初报道的是1989年小柴胡汤引起间质性肺炎，患者为一名70岁女性，主诉发热、干咳、呼吸困难，胸部X线检查两肺呈弥漫性粒状网状阴影，小柴胡汤引起的淋巴细胞刺激试验(DLST)阳性，初步诊断为小柴胡汤引起的间质性肺炎。后立即停服小柴胡汤，并给予类固醇治疗，约2个月后肺炎痊愈。其后再用小柴胡汤进行诱发试验，结果同样呈阳性反应。因此，普遍认为是小柴胡汤引起的间质性肺炎。1991年2月，日本厚生省决定对汉方药提取剂进行再评价，即把汉方药提取剂适应证变换为西药适应证表现形式进行。1994年3月，小柴胡汤被最先通过。医生们(包括不大了解汉方的西医)更喜欢应用小柴胡汤治疗慢性肝炎，尤其是丙型肝炎。然而，此后不断出现因服小柴胡汤出现间质性肺炎的报道，1996年3月，日本厚生省在“紧急安全情报”中发出了“关于小柴胡汤严重的副作用--间质性肺炎的警告”。警告发出后的当晚，各电台、电视台及翌日各早报立即报道此内容。《朝日新闻》还在头版头条刊登了“1994年以来，得间质性肺炎88人，其中有10人死亡”的消息。此后，NHK以及其他报纸、周刊也陆续播放或刊登了一些医学专家对小柴胡汤以及汉方药副作用的看法。人们对小柴胡汤更加关注，至1999年底，因服小柴胡汤造成间质性肺炎的报道已上升为188例，死亡22例。日本厚生省2000年1月14日发出“医药品医疗用具等安全性情报”通令：全面禁止肝炎、肝硬化、肝癌患者使用小柴胡汤。此举激起了医药界的不满，1月25日《日本汉方医药报》以“搞垮汉方”为题刊发反驳文章。此起风波刮遍日本，其不但抨击了道德、责任，关注“贪得无厌的津村公司”倒闭，相关人员被判刑。更多的是学术上的研究、探讨。