近代有不少人在探讨，中医治病是抗病毒、抗菌、消炎，或是祛风、祛寒、祛火…所谓辨证求因。而张仲景的辨证论治与其有不同的内涵。前已详述，张仲景医学是辨六经、析八纲，再辨方证，以至施行适方治疗，此即辨证论治整套的医疗体系。不过其论治的实质是什么？应进一步解读。
前面已对六经加以说明，不论什么病，无论发病后所反应出的哪些症状，在病位则不出表、里、半表半里；在病情则不出于寒、热、虚、实、阴、阳，在类型则不出于三阴三阳。验之于临床实践，这都是屡经屡见的事实。由此可知，所谓六经八纲者，实际是人体患病后常见症状的规律反应，经方辨证即以它们为纲，经方论治也是通过它们而制订施治的准则。胡希恕先生对经方的辨证论治定义概括为“是于患病人体一般的规律反应的基础上，讲求疾病的通治方法”。即是说，张仲景把常见病(急慢性病、外感内伤等)发病后的症状进行归纳总结，看到了各种规律反应，即为六经证，这些证可用相适应的方证治愈，这些方证不是针对一个病，不论何种病，凡表现出其方证时即可应用，故称通治方法。以太阳病为例，太阳病并不是一种个别的病，而是以脉浮、头项强痛而恶寒等一系列证候为特征的一般常见证。如感冒、流感、肺炎、SARS、痹症等初发病时，经常表现出太阳病这类证，经方医学即依据治太阳病(进一步辨方证)的发汗方法治之，不论原发病是什么病，均可以给予彻底治愈。由此可知，临床表现不同的各种病，可表现出太阳病相同的证，这不正是患病人体一般的规律反应吗？依治太阳病证的同一发汗方法，而能治愈各种不同的病，这正是胡希恕先生所指出的“于患病人体一般规律反应的基础上，而讲求疾病的通治方法”。就方证的说明来看，对六经八纲治则的执行，势必遵循适应整体用药的严格要求，显而易见，中医的辨证论治，还具有适应整体治疗的另一种精神，也就是说，中医的辨证论治，虽然是在患病人体一般规律反应的基础上，讲求疾病的通治方法，但同时必须在适应整体的情况下施行。因此，辨证论治的简明定义为：于患病人体一般规律反应的基础上，而适应整体，讲求疾病的通治方法。众所周知，中医常以一方治多种病，而一种病常须多方治疗，即是这种治疗精神的有力说明。
那么经方治病的根本是什么，是针对具体病邪(风寒暑湿燥火)、脏腑、经络，还是病毒、细菌？要解答这一问题，一定要弄清人体患病后，为什么症状出现六经八纲这样一般的规律反应。由唯物辩证法可知：“外因是变化的条件，内因是变化的依据，外因通过内因而起作用”，患病人体之所以有六经八纲这样一般的规律反应，其主要原因，不是由于疾病的外在刺激，而是由于人体抗御疾病机制的内在因素。中医认为“天人合一”，是说人类生活受自然气候影响，人要适应自然而生活，众所周知，冬时天寒则多溺，夏时天热则汗多，假如反其道而行之，人于夏时当不胜其热，而于冬时将不胜其寒，这反映了人体抗御外来刺激的妙机。若论病邪的侵害，则远非天时的寒热能比，人体自有以抗御之，何以待言！中医谓正邪交争者，意即指此，临床常见不治即愈的疾病，均不外于正胜邪却的结果。不过往往由于自然良能有限，人体虽不断抗争，而病终不解，所谓“邪之所凑，其气必虚”，于是正邪相拒的情况，亦随时以证的形式反应出来。如所谓表证，即人体欲借助发汗的机转，自体表以解除其病的反应；如所谓里证，即人体欲借助排便或涌吐的机转，自消化道以解除其病的反应；如所谓半表半里证，即是人体欲借助诸脏器的功能协力，自呼吸、大小便、出汗等以解除其病的反应。此为基于人体的自然结构，势所必然地对疾病斗争的有限方式，以是则表、半表半里、里便自然成为了凡病不逾的病位反应。若人体功能旺盛，则就有阳性的一类证反应于病位；若人体功能沉衰，则就有阴性的一类证反应于病位。简而言之，疾病入侵人体，人体就应之以斗争，疾病不除，斗争不已，以是则八纲六经便永续无间地见于疾病全过程，成为凡病不逾的一般规律反应。这一观点，古人早有认识。
如《素问•评热病论》曰：“今邪气交争于骨肉，而得汗出者，是邪却而精胜也，精胜则当能食，而不复热。复热者，邪气也，汗者，精气也，今汗出而辄复热者，是邪胜也。不能食者，精无俾也。病而留者，其寿可立倾也”。此段大意是说，今邪气与精气、正气交争于体表的骨肉间，此原是人体欲借以发汗的机转而解除病邪，故一般说来能得汗出者，大都是邪却而精气胜。精气来自于谷气，化生于胃，如果精气真胜，则其人当能食。邪气使人发热，如果邪气真却，则必不复热。若复热，为邪气还在，汗出为精气外越，今汗出而还发热，显系邪胜而精亡，而不能误认为邪却而精胜。若见更不能食，为精气断绝邪气独留，故不免于死。
又如《伤寒论》第97条“血弱、气尽、腠理开，邪气因入，与正气相搏，结于胁下，正邪分争，往来寒热，休作有时，嘿嘿不欲饮食，脏腑相连，其痛必下，邪高痛下，故使呕也，小柴胡汤主之”，这一条是说伤寒初作，邪气与正气交争于骨肉，即太阳病在表的理一般病理过程。若精气已不足拒邪于外，则退而卫于内，以是则体表的血弱气尽，腠理遂不密守而开，邪乃乘虚入于半表半里，与正气相搏结于胁下，因而胸胁苦满，这就进入少阳病的病理阶段了。正邪分争，即正邪相拒。正进邪退，病近于表则恶寒，邪进正退，病近于里则恶热，故往来寒热，分争时则寒热作，否则寒热亦暂息，故休作有时，热邪郁集于胸胁，故嘿嘿不欲饮食，胸胁之处，上有心肺，旁及肝脾，下接胃肠，故谓脏腑相连；邪热激动胃肠中的水气，则腹痛；邪高于胸胁之上，而痛在胃肠之下，故使其人欲呕，此宜小柴胡汤主之。
按：以上《内经》一段虽是论述阴阳交的死证，但与表证人体欲汗出的抗病机制同理，尤其对或精胜、或邪胜的阐述颇精详。《伤寒》一段，是说太阳病自表传入半表半里，亦由于人体抗病机制的改变所致。古人对疾病的体验，达到如此精深境界，正所谓实践出真知也。
六经八纲的来历既明，对照六经病治则，则可知张仲景的辨证论治，治的是疾病反应出的症状、证候，其方证因是历代临证经验总结，故能方药对证、药到病除，恰为适应人体抗病机制的一种原因疗法，其所以有验自非偶然，而是来自千百年的实践。《伤寒》的内容都可验证。如前述，太阳病，是以脉浮、头项强痛而恶寒等一系列证候为特征的，今就这些证候分析如下。
脉浮：这是正邪交争于体表，气血津液聚于体表、浅在动脉血液充盈所致。
头项强痛：因上体部血液充盈程度较甚，故在上的头项部位更感充胀和凝滞性的疼痛。
恶寒：体表的温度升高，加大了与外界气温的差距，故感风寒来袭之可憎。
由这三组症状分析可知，太阳病是人体把大量体液和邪热驱集于上半身广大的身体表面，欲汗出而不得汗出的一种状态。太阳病的治则是发汗，这正是适应人体欲汗出的病机，而使之达到汗出病愈的目的。根据疾病反应出的证进行治疗，能有效解除病因，因此可以说，这是理想的原因疗法。
简而述之，张仲景的辨证论治，即六经辨证，是其总结前人的方证经验，由八纲辨证加入半表半里病位概念，而创建六经辨证的独特的辨证论治辨体系。其辨证论治的实质，是针对常见病(一般病、急、慢性病)所出现的症状，通过四诊(问、望、闻、切)，用八纲分类，辨清病位，病性分阴阳，亦即辨明六经所属之证，再辨清所属方证，遂用对应的方药治疗，根据疾病反应出的症状，用八纲分为六类证，用六类对应方证治疗的医学体系。《伤寒论》六经的实质，即六经所辨证之证为疾病反应的证候，六经论治之治为对应的方证。